source=Source.txt
target=Target.txt

#NoEnv
#SingleInstance,Force
SetBatchLines,-1

string:=""
FileRead,lines,%source%
Loop,Parse,lines,`n                                ; Split by line break
{
  StringSplit,part_,A_LoopField,.                  ; Split by period
  If part_0<3                                      ; 1 part
    line:=A_LoopField
  Else
    StringReplace,line,A_LoopField,%part_1%.,      ; Remove part 1
  line=%line%                                      ; Remove trailing space
  string.=line "`n"                                ; Add line break
}
FileDelete,%target%
FileAppend,%string%,%target%